1. Ein Ausländer erwirbt die deutsche Staatsangehörigkeit.
2. Die Ehe mit seiner ausländischen Ehefrau besteht schon seit mehr als drei Jahren im Inland. Allerdings besitzt die Ehefrau nur seit einem Jahr eine AE nach §30. Davor war sie im Besitz einer AE nach §16.
3. Hat die Ehefrau jetzt den Anspruch auf eine NE nach §28 Abs. 2?

Aber in den Anwendungshinweisen steht halt eine andere Erklärung.

28.2.1. Problematisch ist bei § 28 Abs. 2 S. 1 wie der unbestimmte Rechtsbegriff des „dreijährigen Besitzes der AE“ zu verstehen ist. Nach richtiger Auffassung muss der Antragsteller die AE auf der Grundlage des § 28 Abs. 1 bzw. § 23 Abs. 1 AuslG besessen haben, um in den Genuss der Regelung zu kommen. Der Besitz von Zeiten zu anderen Aufenthaltszwecken nach dem AuslG oder AufenthG wird damit nicht angerechnet.
[...]
Familiäre Lebensgemeinschaft im Sinne von § 28 Abs. 2 Satz 1 ist immer nur die Lebensgemeinschaft, die auch die Erteilung einer Aufenthaltserlaubnis gemäß § 28 Abs. 1 Satz 1 rechtfertigen würde. D.h. die Erteilung einer Niederlassungserlaubnis auf der Grundlage des § 28 Abs. 2 Satz 1 kommt bei Kindern und Eltern eines Deutschen (Fälle des § 28 Abs. 1 Satz 1 Nr. 2 und 3) nicht mehr in Betracht, wenn das ausländische Kind bzw. das den Aufenthalt vermittelnde deutsche Kind volljährig geworden ist oder heiratet.

Die Frage hier ist aber, ob die Ehefrau den Anspruch auf eine NE hat, denn

1. sie ist seit drei Jahren im Besitz einer AE,

Zeiten des Besitzes einer Aufenthaltserlaubnis zu
anderen Zwecken können daher nicht berücksichtigt werden  

Die Frist beginnt mit der erstmaligen Erteilung dieser Aufenthaltserlaubnis.