Genau so ist es in Ordnung.

Nur: Falls er in Afghanistan Probleme bekommt, kann / darf ihm die deutsche Botschaft nicht helfen. In Deutschland ist er nur Deutscher (reist mit deutschen Pass ein und aus), in Afghanistan ist er nur Afghane (reist mit afghanischem Pass ein und aus).

Bei den Kontrollen sollte er immer beide Pässe bereit halten: Falls gefragt wird, warum er kein Visum, keinen Stempel etc. hat, erklärt das der 2. Pass.